(Esta resposta está relacionada com a minha resposta sobre Resistência das bactérias aos antibióticos naturais sobre a Biologia SE)
Primeiro que tudo: Quando se trata de evolução, a Biologia não fala de “forte” e “fraco”, fala de “aptidão” (“sobrevivência do mais apto”, por exemplo), que é sobre o quão bem adaptado ao seu ambiente um organismo está. Fitness inclui o quão bem pode sobreviver no seu ambiente e o quanto pode produzir descendentes vitais.
Isto parece lógico porque no ambiente comum, o tipo selvagem de vírus deve ser o mais forte. Qualquer mutação dele é para combater a droga, por isso já não é o mais forte.
Este é um mal-entendido da evolução. O tipo selvagem de uma espécie não é o mais apto que este organismo pode ser. Que é o tipo selvagem significa apenas que ele evoluiu e se espalhou. Algo que não evolui não se pode espalhar (como exemplo hiperbólico, pode ser vantajoso para os humanos ter asas, mas como não o desenvolvemos, o nosso tipo selvagem não o inclui).
Também ajuda a lembrar que “o tipo selvagem” não é uma coisa uniforme. Existem muitas variações genéticas que ainda consideramos como sendo do tipo selvagem. Mesmo as bactérias que se reproduzem através da reprodução assexuada não são todas iguais, mesmo dentro de um hospedeiro.
No ambiente natural das bactérias de que está a falar, uma resistência aos antibióticos confere poucos benefícios porque elas não se deparam com ela. Portanto, se evoluir, não ajudará estes organismos a sobreviver e só se espalharia por toda a população por acaso. Pelo contrário, pode mesmo conferir uma desvantagem - por exemplo, a resistência à penicilina necessária para produzir a proteína beta-lactamase. Num ambiente livre de penicilina, isto poderia ser apenas um extra dispendioso sem um benefício. Com o tempo, pode perder-se.
Numa pessoa que toma antibióticos, no entanto, estas bactérias com resistência aos antibióticos são de facto mais aptas e têm uma vantagem de sobrevivência. Bactérias com múltiplas resistências são ainda mais. Entre bactérias, estas resistências podem de facto ser transferidas por algo chamado “transformação” que envolve realmente a captação de material genético, por isso a evolução de resistências múltiplas também não é tão incomum como possa parecer.
Quanto ao seu exemplo de vírus, sem saber mais, eu adivinharia que a redução da aptidão da estirpe mais resistente do vírus é provavelmente um efeito secundário da resistência. Atingir uma maior ou menor adequação através da evolução da resistência ao tratamento não é, em si, uma diferença entre vírus e bactérias.
Origens e Evolução da Resistência a Antibióticos
Mecanismos da Resistência a Antibióticos
O que é a adequação?